Giám mục Nguyễn Văn Long sinh ngày 3 tháng 12 năm 1961 tại Gia Kiệm, tỉnh Biên Hòa (nay là xã Gia Kiệm, huyện Thống Nhất, tỉnh Đồng Nai),[5] thuộc Giáo xứ Ninh Phát, Giáo phận Xuân Lộc. Thân phụ ông là một nông dân cần cù, và song thân Nguyễn Văn Long đã di cư vào miền Nam năm 1954.[4] Nguyễn Văn Long là người con thứ tư trong gia đình có 5 nam và 2 nữ.[6] Thân phụ ông là ông Giuse Nguyễn Văn Quang (1925 - 2014).[7][8]

Sinh trưởng trong một gia đình nghèo khó, cậu bé Nguyễn Văn Long dành nhiều thời gian quây quần cùng gia đình trong hầm tránh bom.[3] Năm 1972, cậu bé Long gia nhập Tiểu Chủng viện Thánh Phaolô Xuân Lộc cho đến năm 1975 thì về sống tại gia đình do Chủng viện bị buộc đóng cửa và biến thành doanh trại.[4][6][9] Nguyễn Văn Long cho biết ông có ý định trở thành giáo sĩ để hỗ trợ những người đau khổ, do tác động của chiến tranh. Mong muốn này của ông chỉ bắt đầu vào năm 13 tuổi.[10]

Cựu chủng sinh Nguyễn Văn Long được dự tính sẽ được đưa vào quân đội, trong bối cảnh Việt Nam có hai cuộc chiến tranh, Chiến tranh biên giới Việt–Trung 1979 và Chiến tranh Việt Nam–Khmer Đỏ. Cùng trong năm 1979, hai người anh của cậu Long đã vượt biên đến Hà Lan. Chia sẻ về điều này, Nguyễn Văn Long cho biết đó là việc những gia đình vượt biên làm: để người trẻ đi trước, sau đó đến trẻ em và đến cha mẹ của chúng.[4] Sau nhiều chuyến vượt biên, tổng cộng ba anh trai của Nguyễn Văn Long sống ở Hà Lan, một người em trai và em gái cùng song thân sinh sống tại Melbourne và còn một chị gái ở lại Việt Nam.[9]

Ngày 11 tháng 8 năm 1980, chàng thanh niên Nguyễn Văn Long cùng 147 người khác trên một con thuyền dài 17 mét tiến hành vượt biên tị nạn.[3][4][11] Sau tám ngày, họ đến Malaysia.[3] Trong hành trình này, kể từ ngày thứ hai, con thuyền chở nhóm người vượt biên đã hết lương thực, do số lượng người nhảy lên tàu vào giờ chót.[4] Chính vì những người đến trễ này, đoàn người trên thuyền phải giảm tải trọng bằng cách vứt bỏ những vật dụng, trong đó có cả nguồn nước, thực phẩm và xăng dầu.[9] Mười sáu tháng sau đó, Nguyễn Văn Long sinh sống ở trại tị nạn. Tại đây, cậu tự mày mò học tiếng Anh và hỗ trợ những người tị nạn khác, nhằm nuôi dưỡng ước mơ trở thành linh mục.[4]

Chàng thanh niên Nguyễn Văn Long đến Úc ngày 2 tháng 12 năm 1981[12] và trong thời gian đầu tiên, cậu sinh sống ở trại tị nạn ở Springvale, ngoại ô Melbourne. Đây cũng là nơi khởi phát ý định tu trì của Nguyễn Văn Long,[3] xuất phát từ ấn tượng của cựu chủng sinh về các tu sĩ dòng Anh Em Hèn Mọn (dòng Phanxicô).[4] Thời gian ngắn ngủi trước khi chọn tiếp tục đời sống tu trì, Nguyễn Văn Long sống tách biệt với gia đình và chọn sống cùng một cặp vợ chồng lớn tuổi người Việt Nam. Nguyễn Văn Long cho biết nhiều lần có cảm giác không được chào đón, nhưng dần cảm thấy sự chấp nhận của xã hội Úc đối với mình khi dần gia nhập đời sống xã hội.[9] Cũng trong năm 1981, khi vừa đặt chân đến Úc, cựu chủng sinh Nguyễn Văn Long bị một tu sĩ lạm dụng tình dục. Vụ việc này được ông chia sẻ trong phiên điều trần với Ủy ban Hoàng gia về Định chế đối phó trước nạn lạm dụng trẻ em tháng 2 năm 2017.[13]

Hai năm sau khi đến Úc, Nguyễn Văn Long gia nhập dòng Anh Em Hèn Mọn Viện Tu vào năm 1983,[14] khấn lần đầu ngày 8 tháng 12 năm 1984 và khấn trọng thể ngày 14 tháng 1 năm 1989.[1] Trước khi khấn trọn, tu sĩ Nguyễn Văn Long đậu cử nhân thần học tại Viện thần học ở Melbourne năm 1988.[14]